排出水按性质可以分为生产污水、生产废水、生活污水、生活废水和雨水等，一般情况下，食品工厂的排水系统宜采取污水与雨水分流排放系统，即采用两个排水系统分别排放污水与雨水。根据污水处理工艺的选择，有时还要将污水按污染程度再进行细分，清浊分流，分别排至污水处理站，分质进行污水处理。排水量的计算也采用分别计算、最后累加的方法进行。
工厂卫生是食品工厂的头等要事，而排水设施和排水效果的好坏又直接关系到工厂卫生面貌的优劣，工艺设计人员对此应有足够的注意。
1、生产车间的室内排水（包括楼层）宜采用无盖板的明沟，或采用带水封的地漏，明沟要有一定的宽度（200～300mm）、深度（150～400mm）和坡度（＞1％），车间地坪的排水坡度宜为1.5％～2.0％。
2、在进入明沟排水管道之前，应设置格栅，以截留固形物，防止管道堵塞，垂直排水管的口径应比计算选大1～2号，以保持排水畅通。
3、生产车间的对外排水口应加设防鼠装置，宜采用水封窨井，而不用存水弯，以防堵塞。
4、生产车间内的卫生消毒池、地坑及电梯坑等，均需考虑排水装置。
5、车间的对外排水尽可能考虑清浊分流，其中对含油脂或固体残渣较多的废水（如肉类和水产加工车间），需在车间外，经沉淀池撇油和去渣后，再接入厂区下水管。
6、室外排水也应采用清浊分流制，以减少污水处理量
7、食品工厂的厂区污水排放不得采用明沟，而必须采用埋地暗管，若不能自流排除厂外，得采用排水泵站进行排放。
8、厂区下水管也不宜用渗水材料砌筑，一般采用混凝土管，其管顶埋设深度一般不宜小于0.7m。由于食品工厂废水中含有固体残渣较多，为防止淤塞，设计管道流速应大于0.8m/s，最小管径不宜小于150mm，同时每隔一段距离应设置窨井，以便定期排除固体沉淀污物。排水工程的设计内容包括排水管网、污水处理和利用两部分。
排水管网汇集了各车间排出的生产污水、冷却废水、卫生间污水和生活区排出的生活污水。借重力自流经预制混凝土管引流至厂外城市下水道总管或直接排入河流。雨水也为排水组分中的重要部分之一，统一由厂区道路边明沟集中后，排至厂外总下水道或附近河流。
部分冷却废水可回收循环使用，采用有盖明渠或管道自流至热水池循环使用。
食品工厂用水量大，排出的工业废水量也大许多废水含固体悬浮物，BOD和COD含量很高，将废水（废糟）排入江河会污染水体。现在国家已颁布了《中华人民共和国环境保护法》和《基本建设项目环境保护管理办法》以及相应的环境标准。对于新建工厂必须贯彻把三废治理和综合利用工程与项目同时设计、同时施工、同时投入使用的“三同时”方针废水处理在新建（扩建）食品工厂的设计中占有相当重要的地位。一定要在发展生产的同时保护环境，为子孙后代造福。目前处理废水的方法有:沉淀法、活性污泥法、生物转盘法、生物接触氧化法以及氧化塘法等。不论采用何种处理方法，排出的工业废水都必须达到国家排放标准。
